Dois agentes do FBI Fox Mulder, o crente e Dana Scully a cética, investigam as estranhas e inexplicáveis forças ocultas.
Esta 6ª temporada pega no final do filme de 1998 ´Ficheiros Secretos: Quero Acreditar´.
Scully e Mulder são surpreendidos com a entrada de dois novos protagonistas na divisão dos X-Files.