A operação envolveu três mil polícias e investigadores e demorou três horas. É a primeira vez que um presidente é detido no país asiático.
Numa declaração gravada antes da detenção, o presidente destituído disse que decidiu cumprir o mandado, apesar de ilegal para evitar derramamento de sangue.
Os investigadores têm agora 48 horas para interrogar Yoon.
O chefe de Estado destituído está a ser investigado por abuso de poder e incitamento à insurreição quando decretou a lei marcial, no início de dezembro.