É um dos cientistas integrados no Instituto de Medicina Molecular e, simultaneamente, mantém as actividades de médico internista no Hospital de Santa Maria e de professor na Faculdade de Medicina de Lisboa, escola de que é sub-director. É nestas mesmas três vertentes que Rui Victorino, especializado em Imunologia, se entrega aos temas relacionados com o VIH/Sida. Ele próprio sublinha que esta doença, hoje possível de tratar como crónica, tem características únicas que levaram muitos médicos a envolver-se de uma forma excepcional e trouxeram os cidadãos para o ambiente tradicionalmente reservado aos clínicos e aos investigadores.