Em 1588 a armada invencível de Filipe I de Portugal afunda-se ao largo de Inglaterra. Quando o rei fica a saber da derrota, sente-se desesperado. Não aceitando a derrota, Filipe I parte para Lisboa, onde está localizado o "seu" Ministério do Tempo.
Em 2016, Cristina termina a sua relação com Afonso... E Amélia parece querer falar com Tiago mas não consegue reunir coragem para tal.
Em 1588, Zarco, o secretário geral do Ministério do Tempo dessa época, recusa-se a ajudar Filipe I a mudar a história. Irado, o monarca manda-o torturar.
Em 2016 é recebido um alerta. No ano de 1481 prepara-se uma emboscada a Cristóvão Colombo, que nessa época vive no Porto Santo. Salvador envia a patrulha...
Que ao chegar às praias da ilha está mais desunida do que nunca. É com dificuldade que Amélia consegue que se concentrem na missão e partem em busca de Cristóvão Colombo.
Em 2016, Salvador é alertado para o desaparecimento de Zarco. Algo de muito perigoso se passa em 1588. Sem mais agentes disponíveis, envia Camões e Pessoa, para que tentem descobrir o que se passa.
Em 1481, Amélia, Afonso e Tiago descobrem Colombo, que foi raptado por piratas mouros.
Mal chegam a 1588, Camões e Pessoa são capturados pelos soldados de Filipe I, que os manda torturar.
Tiago e Afonso conseguem salvar Colombo, mas no meio da confusão quem desapareceu foi Amélia.
Filipe I invade o Ministério do Tempo e o ano de 2016. Está decidido a mudar a história.
Salvador tenta convencer Filipe I do grande erro que está a cometer. O rei, não gostando de ser contrariado, mata Salvador e toma posse do Ministério do Tempo de 2016.
Afonso e Tiago salvam Amélia e voltam para casa, sem saberem que os aguarda a maior surpresa das suas vidas.