O bailarino ingressou na companhia de Martha Graham, como solista, aos 20 anos, depois de estudar Teatro e Dança da Cornish School, de Seattle.

O jovem Cunningham considera que o movimento não tem como fim traduzir a emoção, um princípio que norteava a precursora da dança moderna, mas que é antes a sua força. Apresenta, em Abril de 1944, o seu primeiro solo, num pequeno teatro de Nova Iorque, com o companheiro - o compositor John Cage - ao piano.

Cunningham e Cage, que se conheceram durante o curso de dança do primeiro, vão manter a sua relação pessoal e profissional durante 54 anos, até à morte do compositor, em 1992. O processo de criação de Cunningham e Cage é independente, apenas se reunindo para a primeira representação.

Durante os meses de Verão, entre 1948 e 1955, o bailarino, o compositor ensinam na Black Mountain College, no Estado da Carolina do Norte, onde é apresentada "Theater Piece #1", a primeira obra multimédia nos Estados Unidos.

Durante este período, o bailarino funda a sua companhia, Merce Cunningham Dance Company, e inicia colaboração com artistas fora da expressionismo-abstracto, que dominava nos anos 50. Os pintores Robert Raschenberg e Jasper Jones, assim como Andy Warhol, assinaram o cenário das criações "Summerspace", "Walkaround time" e "Rainforest", respectivamente.

O conceito do aleatório, tão caro a Cage, é adoptado por Cunningham no que respeita às sequências, sua ordem e duração, ao número e papel dos bailarinos. Este conceito implica que outros elementos da narrativa coreográfica, como causa e efeito, clímax e anticlímax, não fossem aplicados.

"Ao contrário do bailarino clássico, tenho em igual conta todos os movimentos possíveis e não componho localizando-me no centro da cena", disse. Cunningham é inequívoco na defesa da autonomia da dança em relação à música, cenário e narração. "Não há a dominação de uma arte sobre a outra. As suas relações são totalmente livres".

Apesar dos assobios e a incompreensão inicial do público, Cunningham insiste em levar a toda a parte os seus espectáculos. A companhia actuou quatro vezes em Portugal, as duas primeiras no Porto, em 1966 e 1981. Apresentou-se também no âmbito da programação das capitais europeias da cultura, Lisboa 94 e Porto 2001.

Introduziu as novas tecnologias nos seus espectáculos em plena década de 70 e trabalhou com criadores de vídeo como Charles Atlas e Elliot Caplan. Nos anos 90, o seu processo criativo passa pelo "Life Forms", um software que simula o movimento dos bailarinos e permite criar novos movimentos que serão interpretados pelos bailarinos.