Duarte foi detido a 15 de abril de 2017 e ficou preso preventivamente. Depois de ter aceitado o julgamento em processo abreviado, declarou-se culpado dos crimes de associação criminosa e de operações com recursos de origem ilícita.

O juiz determinou que Javier Duarte cumpra nove anos de prisão e proceda ao pagamento de uma multa de 58 mil pesos (cerca de 2.600 euros).

Duarte deixou o governo de Veracruz a 12 de outubro de 2016, 48 dias antes de terminar o mandato, supostamente para fazer frente às acusações de corrupção, mas acabou por tentar fugir à Justiça mexicana.

Em abril de 2017, Duarte foi detido num hotel de luxo em Panajachel, na Guatemala, e posteriormente extraditado para o México.

O estado de Veracruz é atualmente um dos estados mais desiguais e violentos e México. Durante o governo de Duarte, 17 jornalistas foram mortos e três estão desaparecidos.