O papa admitiu os "pecados e erros da Igreja e dos seus membros" durante o genocídio de 1994, que em pouco mais de três meses causou quase um milhão de mortes no Ruanda.
Segundo uma declaração emitida pelo Vaticano, o sumo pontífice "expressou o desejo de que este humilde reconhecimento dos erros daquele período, que infelizmente desfiguraram a face da Igreja, possa contribuir para a 'purificação da memória' e possa promover um futuro de paz, na esperança e na confiança renovada".
A mesma declaração refere que o papa "implorou novamente o perdão de Deus para os pecados e erros da Igreja e dos seus membros, entre os quais padres, religiosos e religiosas, que sucumbiram ao ódio e à violência, traindo a sua própria missão evangélica". E acrescentea que "esta atitude foi facilmente interpretada pelos simples cristãos como uma aprovação implícita dos assassínios, tal como o foi a estreita ligação de dirigentes da Igreja aos dirigentes do genocídio".
A declaração referia-se ao genocídio de 800.000 tutsis e também de um certo número de hutus, por fanáticos tribalistas hutus - uma série de massacres instigados em 1994 pela guarda pretoriana do presidente hutu Juénal Habyarimana, quando este morreu ao ser abatido por um míssil o avião em que seguia.
Os hutus que se recusavam a participar nos massacres contra amigos, colegas ou vizinhos tutsis eram também massacrados. E algumas das vítimas foram freiras e padres católicos, que não quiseram tornar-se cúmplices da orgia de violência. Calcula-se em 200 os padres e freiras assassinados por esse motivo.
Mas outros envolveram-se no genocídio, a começar na cúpula da Igreja com o arcebispo Vincent Nsengiyumva, membro dirigente durante 15 anos do partido governante, completamente dominado pelos hutus e discriminador dos tutsis. Nsengiyuma presenciou o assassínio de padres e freiras que se recusavam a matar tutsis e foi depois uma peça chave no branqueamento do genocídio, que se recusava a designar com esse nome.
Alguns dos padres cúmplices do morticínio chegaram a utilizar os recursos e instalações da Igreja para realizar os massacres. Na igreja católica de Ntarama foram mortas cerca de 5.000 pessoas em 15 de agosto de 1994.
O padre católico Athanase Seromba mandou demolir e terraplanar o recinto da sua igreja, onde estavam abrigados 2.000 tutsis. Um outro prelado, Wenceslas Munyeshyaka, elaborou listas de homens para serem mortos e mulheres para serem violadas, segundo apurou em 2005 um tribunal da ONU para os crimes contra a humanidade no Ruanda.
