O antigo ministro guineense e também presidente do Tribunal de Contas foi morto na sua residência em Bissau na noite de 22 de Agosto de 1999.

Segundo fonte do Ministério Público guineense, o Procurador-geral da República criou, através de um despacho, uma comissão encarregue de retomar a investigação do caso do homícidio de Nicandro Pereira Barreto, para apurar as circunstâncias dos factos.

A PGR decidiu criar a comissão na sequência de uma carta dos familiares da vítima, em que são solicitadas informações sobre o andamento do processo.

Na carta, a que a Agência Lusa teve acesso, os familiares do antigo ministro da Administração Terrotorial expressam "indiganção face ao silêncio das autoridades guineenses".

No documento, os familiares de Nicandro Barreto recordam que foram feitas investigações pela Polícia Judiciária guineense e portuguesa e que o "antigo Procurador-geral da República da Guiné-Bissau Amine Saad declarou publicamente que a PGR estaria na posse de informações conclusivas sobre as motivações e os autores materiais e morais do crime".

Os familiares informam também que, em 2005, foram informados de que o processo da investigação do homícidio do antigo ministro tinha desaparecido dos arquivos do Ministério Público.

O semanário guineense Última Hora revela, na sua edição de terça-feira, que Nicandro Pereira Barreto "foi assassinado de forma brutal na sua residência" e que a "autópsia do corpo revelou fracturas nos braços, inchaço do baço causado por pancadas na zona abdominal, fracturas de vértebras e que a morte foi causada por uma fractura na base do pescoço".

Segundo o jornal, o antigo ministro foi o "único alto responsável político vítima do conflito de 07 de Junho de 1998".