Durante a reclusão, escreveu o romance de investigação histórica "O Maçon de Viena", que publicou, e "O Príncipe Rosa-Cruz", que aguarda publicação.

O advogado e fundador da Universidade Moderna e mais 12 arguidos, entre eles o pai, o antigo reitor da Moderna José Júlio Gonçalves e o irmão João Braga Gonçalves, começou a ser julgado a 10 Abril de 2002.

O julgamento com vários arguidos e testemunhas mediáticas, entre elas o antigo ministro da Defesa Paulo Portas e o ex-presidente da Câmara de Lisboa, João Soares, arrastou-se por mais de ano e meio no Tribunal de Monsanto, terminando a 27 de Novembro de 2003.

A maior parte das acusações, que incluíam administração danosa, falsificação de documentos, corrupção activa e apropriação ilegítima, acabaram por cair, entre elas uma de associação criminosa.

No final do julgamento, durante o qual se ouviram insinuações de tráfico de armas, mulheres e droga, José Braga Gonçalves que estava preso preventivamente desde 12 de Junho de 2001, acabou por levar uma pena considerada "exemplar" de 12 anos de cadeia, pelos crimes de administração danosa, corrupção activa, falsificação de documentos e apropriação ilegítima.

No acórdão do colectivo de juízes, presidido por Manuela Barracosa, José Braga Gonçalves beneficiou de um perdão de um ano e seis meses, passando a uma pena de prisão efectiva de 10 anos e meio, que se traduziu em oito anos e meio descontados os dois anos que já levava de prisão preventiva.

Entretanto, a defesa de José Braga Gonçalves recorreu desta decisão para o Tribunal da Relação de Lisboa, que o absolveu do crime de administração danosa e reduziu-lhe a pena para sete anos e meio em cúmulo jurídico, pelos crimes de apropriação ilegítima, falsificação de documentos e corrupção activa.

Todos os restantes arguidos foram absolvidos pela Relação dos crimes a que foram condenados em primeira instância, à excepção do antigo assessor de imprensa do ministro da Educação Marçal Grilo, Pedro Garcia Rosado, que viu a sua pena de três anos de prisão efectiva por um crime de corrupção passiva, reduzida para dois anos de prisão suspensa por um período de três.

O Tribunal da Relação indeferiu ainda um recurso do Ministério Público a pedir a condenação de José Braga Gonçalves e restantes arguidos pelo crime de associação criminosa, de que tinham sido absolvidos em primeira instância.

José Braga Gonçalves, que desistiu de um outro recurso para a Relação para poder passar ao estatuto de preso em cumprimento de pena e assim beneficiar do regime de liberdade condicional a partir de metade da condenação, continuou preso.

Na prisão "conviveu" com outros detidos mediáticos, como o ex- presidente benfiquista João Vale e Azevedo, os irmãos Pinto (líderes do bloqueio na ponte 25 de Abril), o apresentador de televisão Carlos Cruz, Carlos Silvino da Silva ("Bibi"), João Ferreira Diniz, entre outros arguidos do processo Casa Pia.

Juntamente com Vale e Azevedo, dedicou-se a trabalhar na biblioteca da prisão e a estudar muitos dos documentos do seu acervo e era, por muitos, tido como um "preso exemplar".

Escreveu, então, o livro "O Maçon de Viena", um "romance de investigação histórica" publicado em Julho passado que tem como protagonista o Marquês de Pombal e defende a teoria de que a baixa lisboeta foi reconstruída como uma cidade-templo maçónica depois do terramoto de 1755.

Após o êxito do primeiro livro, que esteve nos "tops" de vendas, e socorrendo-se, segundo o seu advogado, de muita da documentação que lhe foi feita chegar por amigos e familiares, entre ela "uma vasta documentação secreta referente à maçonaria austríaca, alemã e portuguesa do século XVIII, que esteve confiscada pela Gestapo às ordens de Hitler", avançou para uma segunda obra.

De acordo com a mesma fonte, o livro "Príncipe Rosa-Cruz", que fala também da influência da maçonaria na reconstrução de Lisboa, após o terramoto de 1755, já está na gráfica e será publicado em breve.

José Braga Gonçalves, licenciado em Direito, que foi docente universitário e um dos fundadores da Universidade Moderna, esteve ligado à Maçonaria, onde chegou a grão-mestre adjunto da Grande Loja Regular de Portugal, funções que acumulou com as de embaixador junto das potências maçónicas germânicas.

Ao fim de mais de quatro anos e meio preso, deixou hoje o Estabelecimento Prisional anexo à Polícia Judiciária (EPPJ) na situação de liberdade condicional.