Segundo o parecer, nos processos-crime a intervenção da hierarquia e o exercício dos poderes de direção do MP não se circunscrevem ao que está previsto no Código de Processo Penal, "compreendendo ainda o poder de direção através da emissão de diretivas, ordens e instruções, gerais ou concretas".

O parecer, cuja doutrina a procuradora-geral da República, Lucília Gago, determinou que seja "seguida e sustentada pelo MP", refere que as normas relativas à intervenção hierárquica em processos crime "conferem à hierarquia competência para a prática de atos processuais penais, modificando ou revogando decisões anteriores".

Entende o Conselho Consultivo, num parecer que tinha sido pedido por Lucília Gago, que a subordinação hierárquica dos magistrados do MP "permite a execução da política criminal definida pelos órgãos de soberania e o controlo dos atos processuais" e "melhora a administração da justiça, evitando a fragmentação de procedimentos e resultados".

Outra das conclusões indica que "a subordinação hierárquica dos magistrados do MP pressupõe, para além de outros poderes, o reconhecimento do poder de direção que integra, em geral, o conteúdo da relação hierárquica e que se consubstancia na faculdade de emissão de ordens e instruções, gerais ou concretas, pelo superior hierárquico".

O parecer do Conselho Consultivo da PGR surge numa altura de controvérsia no seio do MP sobre o conflito latente entre autonomia dos procuradores e poderes da hierarquia do MP, tendo um dos casos concretos conhecidos resultado da investigação ao furto e achamento das armas de Tancos quando os procuradores titulares do processo quiseram inquirir o primeiro-ministro, António Costa, e o Presidente da República, Marcelo Rebelo de Sousa, o que foi inviabilizada pelo diretor do Departamento Central de Investigação e Ação Penal (DCIAP), Albano Pinto.

Este parecer surge também em vésperas de o Sindicato dos Magistrados do MP divulgar um estudo realizado pelo especialista em Direito Administrativo Luís Fábrica que aponta para o "reforço da autonomia dos procuradores face à hierarquia do MP", à luz do novo Estatuto do MP, que entrou no início do ano em vigor.