Cada um dos três sistemas drena para uma Estação de Tratamento de Águas Residuais (ETAR). Além das dezasseis bacias da cidade, o plano identificou também duas bacias adjacentes a Norte, que drenam águas domésticas e pluviais de Lisboa para os concelhos de Odivelas (a partir de Telheiras) e Loures (a partir do Lumiar).

Alcântara é o maior sistema, com 81,2 quilómetros de colectores. Na parte alta, é delimitado a noroeste pelos limites do concelho da Amadora e a nordeste pela zona das Avenidas Novas. A zona baixa, para onde correm catorze bacias, ocupa a frente ribeirinha de Algés até ao Terreiro do Paço.

O sistema de Chelas, baseado nas redes de drenagem e estações elevatórias que descarregam para a ETAR de Chelas, compreende duas bacias e vai do Lumiar até à zona ribeirinha entre o Terreiro do Paço e o Beato, com cerca de 55 quilómetros de colectores.

Quanto ao sistema de Beirolas, está delimitado a norte pelo aeroporto, a leste pelo Beato, a oeste pelo concelho de Loures e a Sul pelo Parque das Nações, servindo a freguesia de Santa Maria dos Olivais e ainda uma parte do concelho de Loures, e é composto por duas bacias distintas.

Na sistematização do plano, surge ainda uma bacia designada por Zona Ribeirinha, entre Santa Apolónia e Marvila, que tem várias descargas directas para o rio Tejo.

APN.