O STJ justifica a decisão apontando que "o incidente de recusa apresentado por José Sócrates (...) visando o Procurador-Geral da República" é "manifestamente infundado".

Na nota enviada às redações, o Supremo refere que "o exercício do poder de nomeação do representante do Ministério Público no julgamento e da respetiva equipa de apoio (...) situa-se no domínio das competências gestionárias do PGR, pelo que não configura uma intervenção no processo (...) nem tem a virtualidade de colocar o magistrado nomeado numa relação de imediata dependência hierárquica relativamente ao PGR que se sobreponha à relação com os seus imediatos superiores hierárquicos, o que só por si afasta a recusa".

Acrescenta ainda que há comunicados da Procuradoria-Geral da República e do Gabinete da Procuradora-Geral da República - datados entre 2014 e 2019 -, que terão sido assinalados no pedido do antigo primeiro-ministro, mas que não podem ter relação com o atual PGR Amadeu Guerra e são assim "irrelevantes para a decisão do incidente de recusa que visa o atual Procurador, que desses comunicados não é responsável dado que iniciou funções apenas em 2024".

Em relação às declarações de amadeu Guerra, que Sócrates viu como sendo um desafio para que aproveitasse o julgamento para provar a sua inocência - o que subverte na sua opinião a questão do ónus da prova -, considera o STJ que "considerou-se que, analisado o teor integral da entrevista e consideradas as palavras no respetivo contexto, não se concluiu que as mesmas suportem o juízo de que o PGR pretendeu impor ao requerente o ónus da prova da sua inocência".

Acrescenta que não considera que "tais palavras possam fundar qualquer suspeição de que se pretende limitar ou condicionar o direito de defesa do requerente e a presunção da sua inocência".