No início de Maio, Mariano Gago emitiu um despacho que retirou à UnI o reconhecimento como instituição de interesse público, um requisito fundamental para poder continuar a funcionar, com base no relatório final da DGES, segundo o qual ficou "inequivocamente provado que a UnI não demonstra possuir as condições mínimas exigidas pela lei para continuar a ser reconhecida como instituição de interesse público".

Alguns dias depois, a universidade entregou ao MCTES a contestação a esse despacho.

O MCTES viria a emitir o despacho final a 03 de Agosto, determinando o encerramento da Universidade até 31 de Outubro, por considerar que os responsáveis da universidade não conseguiram normalizar o funcionamento da instituição.

Na sequência desta decisão, a universidade ficou impedida de desenvolver quaisquer actividades lectivas que não fossem as estritamente necessárias para a conclusão do ano lectivo.

A 10 de Agosto, a UnI entregou no Tribunal Administrativo e Fiscal de Lisboa uma providência cautelar para suspender o encerramento compulsivo da universidade, mas um mês depois o MCTES manteve a decisão de encerramento em despacho publicado em Diário da República, alegando que a continuação da actividade da UnI "seria gravemente prejudicial para o interesse público".

Segundo Maria João Barreto, o processo "continua a correr em tribunal", não havendo até ao momento qualquer decisão judicial.

A partir de 31 de Janeiro de 2008, toda a documentação da UnI será entregue à Direcção-Geral do Ensino Superior, que ficará encarregue da sua guarda e da emissão das certidões que sejam solicitadas.

Todos os alunos que se encontravam a meio ou no início dos respectivos cursos foram transferidos para outras instituições de ensino superior, de acordo com Maria João Barreto, assessora e vice-presidente da SIDES, entidade instituidora da UnI.

"Estes alunos tiveram planos de equivalência mais favoráveis" para conseguir efectuar as transferências de universidade, adiantou à Lusa na passada sexta-feira.

Quanto aos finalistas, a Universidade concluiu as avaliações nos últimos dias e fez uma cerimónia de entrega de diplomas na noite de terça-feira que marcou o encerramento da instituição.

Os estudantes da UnI foram acompanhados no processo de transferência e/ou conclusão dos cursos por uma equipa da Direcção-Geral do Ensino Superior (DGES), nomeada pela tutela em Agosto passado, na altura em que foi emitido o despacho definitivo de encerramento da universidade.

A crise na Universidade Independente começou em Fevereiro com suspeitas de fraude, burla e gestão danosa, tendo-se verificado, a partir dessa altura, reviravoltas sucessivas no controlo da instituição e da empresa proprietária, disputadas por duas facções em litígio.

No âmbito das investigações à UnI encontram-se presos preventivamente o ex-vice reitor Rui verde e o director da SIDES (empresa gestora da universidade) Amadeu Lima de Carvalho.

O antigo reitor Luís Arouca, também arguido neste processo, ficou em liberdade mediante caução de 250 mil euros.