A polémica em torno do novo secretário de estado da Inovação deriva de Franquelim Alves ter sido administrador da SLN/ BPN. Teve conhecimento das irregularidades do Banco Insular no início de 2008 e não as comunicou ao Banco de Portugal. Foi ouvido em março de 2009 na Comissão parlamentar de Inquérito ao caso BPN.
