Chuck encontra-se novamente dividido entre a sua lealdade para com os seus companheiros agentes e o que ele acredita ser correcto. Especialmente quando conhece um outro agente secreto, um génio da tecnologia, cujo cérebro se transformou numa grande fonte de recursos para a Segurança Nacional. Por isso, assim como a de Chuck, a sua vida corre perigo. É neste momento que Chuck precisa de decidir se entrega o colega, que também mantém uma vida dupla, ou o ajuda a escapar.