Finch e Reese estão de volta e vão-se aliar a personagens inesperadas para tentar vencer a batalha contra Root e salvar a Máquina da temível e misteriosa organização Décima.
"Sob Suspeita" junta os atores Michael Emerson e Jim Caviezel numa trama de investigação que aborda os temas mais fortes, cativantes e sensíveis dos nossos dias, como é o caso do 11 de setembro, da invasão de privacidade, da prevenção de crimes e da análise da informação.
O mote: um ex-agente do FBI, John Reese, que todos achavam que estava morto, une-se a um misterioso bilionário, Harold Finch, para impedir que crimes violentos sejam cometidos.
Na terceira temporada, a equipa enfrenta um futuro incerto e a próxima evolução da Máquina, que está agora completamente autónoma e escondida de todos. Enquanto Reese e Finch continuam a utilizar as habilidades excecionais (e letais) de Shaw, as suas tendências agressivas podem acabar com a aliança antes mesmo de esta ter começado. E, ainda que institucionalizada num hospício, Root tenta recuperar a sua ligação à Máquina e planear a sua fuga.